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前衛福部長陳時中代表民進黨參選台北市長，前總統陳水扁表示，去年底就告訴他，要選舉就早點離開指揮官、準備選舉，因為指揮官要超越黨派、不要有太多政治思維。現在再離開，又太慢，所以有人說，「你是踏著將近1萬具的屍體拾級而上，要進軍台北市政府」。
陳水扁接受「彼特王出任務」節目訪問時提到，去年12月12日他有專訪陳時中，當時私下、公開說，如果要選台北市長，一定要提前準備。不能說要當衛福部長，也要做防疫指揮官，也要選台北市長，這是完全矛盾的。
陳水扁指出，防疫指揮官要超然、超越黨派、不應該有過多政治思維與語言，因為中央地方防疫是綁在一起，地方防疫做不好，中央是會好到哪裡去？所以不應該有藍綠。但如果一直考慮選舉，就一直考慮潛在對手，又在當地方指揮官。所以在你的腦筋裡有衝突、打結，要如何解決。
陳水扁續指，所以去年跟陳時中講，「你如果要選，就趕快離開。」那時候還很風光，疫情也還OK，不像現在疫情超過400萬，病死的也快超過1萬人。現在離開，又太慢，所以有人說，「你是踏著將近1萬具的屍體拾級而上，要進軍台北市政府」。
陳水扁批評，陳時中參選後馬上出書，一本選舉書要出，難道平常不用準備嗎？一方面當指揮官、一方面寫書，這就是矛盾的地方，講白一點，「你也不專心在做一件事情，你分心了。」扁直指，「如果我是蔡總統，既然要讓他選台北市長，早就應該讓他離開了。」
陳水扁表明，若他是總統，也不會讓後續要接指揮官的人「竟然在外面跟人家偷生小孩」，鬧那麼大的新聞，還說沒關係。陳時中緩頰稱「任何人都會犯錯，應該給他機會」。問題是，知錯能改是讓他做更高的位子、更大的官。陳水扁不解，「難道沒人了？」
陳水扁指稱，去年他上節目時就說，民進黨內「已經內定」陳時中要選台北市長了。只是原先打算參選台北市長林佳龍不信邪而已。既然內定，就不要那麼貪，又要選舉、又要當指揮官、坐部長的位子。
陳水扁質疑，防疫指揮官天天開記者會有必要嗎？全世界找不到第二個國家，要過正常日子、大家平常心，每天開記者會，何必報那些數字而已，不如發布一個新聞稿。那時候2003年抗SARS，也沒有每天開。陳時中每天開記者會「就是你要曝光、你要選舉」。
現在陳時中參選台北市長，遭受外界抨擊，陳水扁狠酸，過去陳時中當指揮官時就在「神壇上」，大家不能批評，不然要去告人民「又犯了那一天條」。陳水扁直言，陳時中要當神「也要按照遊戲規則來」。